По агроклиматическому районированию Новосибирской области климат заказника относится к умеренно-прохладному увлажненному агроклиматическому району со средней суммой осадков 300-380 мм при абсолютном максимуме температур 35°С и абсолютном минимуме -48°С.

 

Колебания безморозного периода составляют от 89 до 148 дней, при среднем многолетнем значении 122 дня. Средняя температура января -19-20°С, средняя температура июля +18,5°С. Средняя годовая сумма осадков составляет 414 мм (от 290 до 540 мм). До 70% осадков выпадает в виде дождей, в основном ливневых с грозами. Из них 20 % приходится на май-июнь, в частности, в период с апреля по октябрь выпадает (в среднем) 330 мм осадков, в период с ноября по март - 95 мм. Преобладающее направление ветров с юго-запада.

 

 

 

Рельеф представляет собой полого-волнистую равнину с абсолютными высотами в пределах 100-115 метров. Характерной чертой рельефа является чередование слабо выраженных возвышенностей в виде "грив", тянущихся, как правило, с востока на запад, с межгривными понижениями, занятыми увлажненными заболоченными, или солончаковыми остепненными лугами, а в более глубоких котловинах – блюдцеобразными озерами.

 

 

 

На повышенных участках заказника (гривах), в основном представлены черноземными и серыми осолоделыми почвами, а также небольшими участками луго-черноземных почв. В пониженных местах они сменяются солонцевато-солончаковыми, серыми осолоделыми и группой болотных почв.

 

 

На территории заказника расположено более 50 озер общей площадью 2589 га. Из них основные: Табисс (539 га), Б. Щучье (404 га), Песчаное (178 га), Белое (175 га), Б. Ильган (159 га), не считая системы оз. Чаны. Берега почти всех озер пологие, окаймлены полосами осоковых или тростниковых болот. На мелководьях водная растительность представлена рдестом гребенчатым и нитевидными водорослями.

Основным гидрологическим объектом является оз. Чаны. Чаны? — бессточное солёное озеро, максимальная зарегистрированная температура воды летом — 28,3 °C.

Самое крупное займище – озерно-займищный комплекс угодий с остепненными участками – водно-болотные угодья «Щучьи озера», площадью 7 500 гектаров.